在进行MD模拟的过程中，复合体水盒的prmtop文件已经生成，可以使用`ante-MMPBSA.py`脚本将复合体、蛋白受体、小分子配体的参数文件从水盒prmtop文件中分别提取出来。

【1】prmtop文件拆分

复合体prmtop文件，只需要去除水分子、金属离子

ante-MMPBSA.py -p X_box.prmtop -c com.prmtop -s ":WAT,Na+,MG" --radii=mbondi2

蛋白质受体prmtop文件，去除水分子以及小分子配体、金属离子

ante-MMPBSA.py -p X_box.prmtop -c rec.prmtop -s ":WAT,Na+,MG,Y" --radii=mbondi2

小分子配体prmtop文件，去除水分子，蛋白质链、金属离子以及辅酶

ante-MMPBSA.py -p X_box.prmtop -c lig.prmtop -s ":WAT,Na+,MG,MG,GPP,1-1068" --radii=mbondi2

【2】mmgbsa.in

Input file for running GB
&general
   startframe=1,
   endframe=100,
   verbose=1,
   interval=1,
/
&gb
  igb=2, saltcon=0.100
/

【3】mmpbsa.in

Input file for running GB
&general
   startframe=1,
   endframe=100,
   verbose=1,
   interval=1,
/
&gb
  igb=2, saltcon=0.100
/
&pb
istrng=0.15, fillratio=4.0
/

执行命令

mpirun -np 20 MMPBSA.py.MPI -O -i mmpbsa.in -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -cp com.prmtop -rp rea.prmtop -lp lig.prmtop -y md.nc